La maggior parte dei pazienti con malattia di Crohn vaginale ha colite ileo-colica o storia di resezione intestinale, le lesioni vulvare della malattia di Crohn possono manifestarsi clinicamente come edema vulvare, dolore vulvare, ulcere perineali, screpolature cutanee, nevi cutanei. Altri sintomi meno comuni includono ipertrofia vulvare bilaterale o unilaterale, eritema multiforme, ascesso vulvare, fistola o sinusoida perineale, ecc. Le lesioni vulvare della malattia di Crohn sono diverse, facili da diagnosticare erroneamente. Soprattutto quando i sintomi intestinali non sono i primi sintomi della malattia di Crohn, più della metà dei pazienti può presentare irregolarità mestruali.
I sintomi comuni sono febbre, dolore addominale, diarrea e facile affaticamento, alcuni pazienti presentano distensione addominale, masse inferiore alla pancia,14%~17% dei pazienti presentano fistole perianali e sinusoidi. Di cui21% dei fistoli sono in comunicazione con l'addome, i danni extra-intestinali includono articolazioni, pelle, fegato e colecisti, possono manifestarsi come artrite, epatopatia grassa, perite desquamativa, colecistite sclerosante, ascesso peri-hepatico. Altri sintomi meno comuni includono eritema nodulare, dermatite gangrenosa, sindrome da malassorbimento, glossite, ulcere della gola, ecc.